Первый деревянный храм в селе Балтай был построен в 1864г. Он имел два придела: Покрова Пресвятой Богородицы и св. блгв. кн. Александра Невского. При нём были церковные дома для священника и причта. В 1866 году было открыто мужское приходское училище, а в 1874- женское.  В некоторых источниках село называлось Покровским- по главному престолу храма. В начале 20 века, рядом с деревянным, был возведён большой пятикупольный храм с 72-метровой колокольней, которая виднелась за 20 километров и был на таком же расстоянии слышен колокольный звон.

Покровский храм с. Балтай начала 20 века.

Церковь была разрушена в конце 20-х годов 20-го столетия, тогда многие хотели построить из кирпичей храма новые дома, однако храм, строившийся в течение 30 лет на века, был весьма прочен. Кирпичи его практически нельзя было отделить один от другого, удалось только разбить стены на глыбы, расколоть их на мелкие куски и вымостить дорогу, которая сейчас ведёт к центру села. На месте храма впоследствии построили школу, а на месте уничтоженного кладбища был разбит сквер. С разрушением храма религиозная жизнь в Балтае прервалась на долгие 60 лет.

В 1991 году, по благословению Архиепископа Саратовского и Вольского Пимена,был образован приход. Владыка передал для села переносной антиминс, на котором стали совершать Божественную литургию сначала в фойе действующего кинотеатра, а затем в здании закрытого дома пионеров.

Строительство нового храма началось в 1997 году и завершилось через 6 лет. Первое Богослужение состоялось 14 октября 2003 года, а спустя четыре дня храм был освящён в честь Покрова Пресвятой Богородицы.